مهم‌ترین آثار مکتوب مراغی عبارتند از جامع‌الالحان، کنزالالحان، مقاصدالالحان و شرح ادوار. البته کتاب‌های دیگری به نام‌های رساله ساز چینی یا موسیقی چینی، قواعده عشره و ترجمه ترکی ادوار به اسم روح‌پرور نیز به وی نسبت داده شده‌اند.
کتاب شرح ادوار (با متن ادوار و زوائد الفواعد) چنان که از نام آن هم پیداست، شرح کتاب الادوار صفی‌الدین ارموی است. کنزالالحان که متأسفانه نسخه‌ای از آن در دست نیست ظاهراٌ حاوی بسیاری از ساخته‌های مراغی بوده که توسط وی نیز آوانگاری شده بودند.
مقاصدالالحان در حقیقت خلاصه‌ای از جامع‌الالحان است. بیشتر مطالب موجود در مقاصدالالحان و شرح ادوار به طور کامل‌تر در جامع‌الالحان مورد بررسی قرار گرفته‌اند.
جامع‌الالحان
شاید بتوان گفت جامع‌الالحان مهم‌ترین اثر مراغی باشد. این کتاب دائرةالمعارفی از قواعد اصول موسیقی است که در یک مقدمه، ۱۲ باب و یک خاتمه گردآوری شده است. مقدمه جامع‌الالحان دارای پنج فصل است که در آن مراغی به تعریف موسیقی، کیفیت حدوث صناعت موسیقی، موضوع موسیقی، مبادی موسیقی و علت غایی فن موسیقی پرداخته است.
در باب اول، مراغی به تعریف صوت، تعریف نغمه و چگونگی تولید آن، چگونگی رسیدن صدای تولید شده به گوش و علت بمی و زیری صدا می‌پردازد.
باب ثانی به بحث درباره تقسیم دستان‌ها مطابق شیوه ارموی، محاسبه بعد بقیه و تقسیم وتر به نغمات هفده‌گانه اختصاص داده شده است.
در باب ثالث مراغی درباره ابعاد یا فواصل موسیقایی، نسبت‌های عددی آنها و روش محاسبه، اضافه کردن یک فاصله به فاصله دیگر، کم کردن یک فاصله از فاصله دیگر و عواملی که موجب تنافر می‌شوند می‌پردازد.
باب چهارم به بحث درباره انواع مختلف ذی‌الاریع‌ها (تتراکورد) و ذی‌الخمس‌ها (پنتاکورد) و چگونگی ترکیب آنها می‌پردازد. همچنین در این فصل نحوه به وجود آمدن دایره‌ها یا ادوار گوناگون مورد بحث قرار می‌گیرد.
باب پنجم چهار فصل دارد. در این چهار فصل مراغی به بررسی شیوه کوک کردن و به‌دست آوردن نغمه‌های گوناگون از وترهای مختلف عود می‌پردازد.
در باب ششم مراغی انواع مشهوره یا ۱۲ مقام را تحلیل و بررسی می‌کند.
در فصل دوم این باب طبقات ادوار شرح داده شده است. در فصل سوم و چهارم باب ششم آوازهای شش‌گانه و شعبات بیست و چهارگانه مورد بررسی قرار گرفته‌اند. همچنین در این باب نظریات و اعتراضات قطب‌الدین شیرازی به صفی‌الدین ارموی مورد نقد قرار گرفته است.
باب هفتم دارای سه فصل است، فصل اول: در اشتباه ابعاد به یکدیگر، فصل دوم در بیان تشارک نغم ادوار با یکدیگر و فصل ثالث در تربیب اجناس در طبقات ابعاد عظمی و ذکر اعداد آنها.
در باب هشتم که دارای سه فصل است، مراغی اسامی یونانی و عربی نغمه‌های ملایم را ذکر می‌کند. همچنین وی به ارتباط میان مقام‌ها، آوازها و شعبات و وجه تشابه و نزدیکی آنها می‌پردازد.
در باب نهم، روش‌های تقسیم در تارهای عکس و مستقیم، انواع کوک‌های نامتعارف و قواعد نواختن وترهای سایر و راجع بررسی شده است.
باب دهم به انگشت‌گذاری‌های دشوار در عود، تعلیم خوانندگی، مرکب‌خوانی و سازشناسی اختصاص داده شده است.
باب یازدهم مبحث ایقاع یا ریتم است. این باب دارای چهار فصل است. مراغی در این باب به تعریف ایقاع و ارکان آن می‌پردازد. وی دورهای ایقاعی که در گذشته و زمان او به‌کار می‌رفته را برشمرده و تشریح کرده است. در پایان این باب وی به شرح ادوار ایقاعی که خود او ساخته است، می‌پردازد.
در باب دوازدهم موضوعاتی مانند تأثیر نغمه‌ها و ادوار گوناگون بر حالات روحی و عاطفی انسان، اصابع سته و طریه قدیم یا مدهای دستانی، انواع فرم‌های موسیقایی و ماجرای ۳۰ نوبت مرتب که مراغی در ماه رمضان در دربار تبریز ساخته بود، مورد بررسی قرار گرفته‌اند.
خاتمه جامع‌الالحان دارای ۶ فصل است. مراغی در این خاتمه به موضوعات متعددی می‌پردازد. یکی از این موضوعات آداب اجرای موسیقی توسط اجراکنندگان است.
مناسبت‌خوانی و این که در هر مجلس چه موسیقی، آواز و اشعاری باید انتخاب شود از دیگر موضوعات خاتمه است. کسب مهارت تام و نحوه تمرین، موسیقی مغولی و شرح حال موسیقیدانان گذشته از دیگر موضوعات خاتمه جامع‌الالحان است.